Outro serviço oferecido pela ACI-E, recentemente, é Emissão de Certificados de Origem. Este documento é necessário para as empresas exportadoras, pois atesta a origem dos produtos exportados, especifica as normas de origem negociadas nos países de acordos firmados e concede reduções ou isenções de impostos para os importadores. Com o Certificado de Origem, a ACI-E amplia sua oferta de serviços não somente para associados como para toda a comunidade regional.
Os Certificados de Origem emitidos pela ACI-E são: do MERCOSUL (Chile, Bolívia, Israel, Índia), Certificado de Origem da Aladi, Certificado de Origem Comum, Certificado de Origem da AMCVE, Certificado de Origem País de Origem, Vistos e documentos emitidos pela própria empresa.